سافر الأهلي إلى اليابان عام 2005 للمشاركة في كأس العالم للأندية، محملاً بآمال كبيرة، لكن جاءت الصدمة قوية بعد خسارته أمام الاتحاد السعودي بطل آسيا، ثم فقد المركز الخامس أمام سيدني، ليعود الفريق إلى القاهرة محبطًا، لكن لم ييأس وعاد مجددًا إلى اليابان بعد عام واحد إثر فوزه الدرامي على الصفاقسي التونسي وحصوله على دوري أبطال إفريقيا 2006.

من نفس التصنيف: الوداد يقترب من ضم نجم عربي قبل مونديال الأندية بعد تنازله عن مستحقاته المالية
كانت الطموحات كبيرة لتعويض إخفاق 2005 والعودة إلى مصر بإنجاز تاريخي من طوكيو 2006، وبالفعل، بدأ الأهلي مشواره بفوز رائع على أوكلاند سيتي النيوزيلندي، ليصعد إلى نصف النهائي لمواجهة إنترناسيونال بطل أمريكا الجنوبية.
أظهر الفريق مستوى مميزًا وأحرج بطل كأس ليبرتادوريس، لكن نقص الخبرة وبعض التفاصيل الصغيرة والأخطاء الدفاعية أدت إلى خسارته 2-0، ليخوض مباراة تحديد المركز الثالث.
في 17 ديسمبر 2006، كانت يوكوهاما شاهدة على انطلاق الأهلي نحو العالمية، حيث واجه كلوب أمريكا المكسيكي في مباراة تحديد المركز الثالث، وحقق الفوز بنتيجة 2-1.
أصبح البرتغالي مانويل جوزيه المدير الفني للأهلي أول من يحقق إنجازًا في المونديال، ولم يتكرر هذا الإنجاز من قبل أي مدرب آخر إلا بعد نحو 15 عامًا، عندما قاد الجنوب أفريقي بيتسو موسيماني الفريق للميدالية البرونزية الثانية في تاريخ النادي عام 2021، بعد الفوز على بالميراس بركلات الترجيح.
يعتبر بيتسو موسيماني المدرب الوحيد في تاريخ الأهلي الذي حقق ميداليتين برونزيتين، إذ كرر إنجازه في العام التالي بالفوز على الهلال برباعية نظيفة.
في موسم 2023-2024، أصبح السويسري مارسيل كولر المدير الفني للأهلي ثالث مدرب يحقق هذا الإنجاز بعد الفوز على أوراوا ريد دايموندز بنتيجة 4-2.
من نفس التصنيف: مدرب مانشستر يونايتد يكشف عن مصير جارناتشو في نهاية الموسم
حاليًا، يقود الإسباني خوسيه ريبيرو الأهلي، ساعيًا لتكرار الإنجاز ووضع اسمه بجانب الثلاثة الكبار، لكن هذه المرة بنظام جديد للبطولة يضم 32 فريقًا.